O Omoloko começou a existir como uma das variantes de religião afro-brasileira que passou a ser praticada no Brasil a partir de algum tempo no passado, depois da chegada dos escravos negros. Provavelmente de maneira precária no início, pela falta de liberdade dos escravos para qualquer tipo de organização, mas, com o decorrer do tempo e com as leis que foram aos poucos mudando as condições de vida dessas pessoas, de maneira mais organizada e completa – e o Omoloko, nesse particular, em nada difere das outras variantes religiosas afro-brasileiras. O que o torna particular é que ele se estruturou inteiramente no Brasil, tendo influência de diversos rituais religiosos africanos, principalmente os dos povos que vieram de regiões que hoje são o Congo, Angola, Moçambique, Nigéria, Benin, Camarões – e, portanto, diferente dos Candomblés, por exemplo os de origem Yoruba, que ainda hoje guardam forte predominância de influência de sua região de origem, e aqui se organizaram obedecendo a um padrão religioso e cultural já preestabelecido nessas origens.
O Omoloko fazia parte do que se chamava, nos fins do século XIX e início do século XX, de Makumba, no Rio de Janeiro; segundo os estudiosos, também a Makumba se originou de diversas procedências, conforme a influência de suas regiões de origem na África; assim, existia a Makumba Mina, a Rebolo, a Cabinda, a Congo, etc.
O Omoloko organizou-se majoritariamente na Zona da Mata em Minas Gerais, no estado do Rio de Janeiro, no nordeste do estado de São Paulo e em parte do Espírito Santo; o nome é Yoruba e existem várias opiniões a respeito de seu significado. Uns dizem que significa "filhos do tempo", porque no início, devido à falta de recursos, seus adeptos praticavam-no ao ar livre, ou debaixo das árvores, ou debaixo das árvores chamadas Iroko. Outros atribuem à palavra sentido mais literal e abrangente, como "filhos da fazenda", ou mesmo "filhos da roça", designando os negros vindo do meio rural e que professavam tal religião, haja vista serem muitas dessas organizações estabelecidas mesmo nas roças, ou em áreas afastadas das cidades.